Paikkaa jossa seisoo Ruutitorni, voi kutsua Riian kaupungin sydämeksi, koska 1000 vuotta sitten täällä seisoi muinainen puinen linnoitus. 1200-luvulla tänne rakennettiin Riian piispanlinna ja Kalpaveljesten ritarikunnan linnoitus. Tuolloin Ruutitorni oli kaupungin korkein rakennus, koska tornin tavoitteena oli suojella kaupunkia myös meren puolelta. Vanha Riika oli tyypillinen keskiaikainen kaupunki ja perusosiltaan silloinen pohjakaava on pysynyt ennallaan .

Kaikki kadut johtivat Daugava-joen varrella olevaan vanhaan satamaan. 1200-luvulla rakennetut ensimmäiset kaupunginmuurit kulkivat pitkin joen rantaa sulkemalla pääsyn siihen mistä tahansa suunnasta. Kustakin kaupunginmuurin tornista saattoi nähdä mihin tahansa toiseen torniin. Ruutitornista, joka oli kaikkein korkein, saattoi seurata jopa joen virtausta.

Ruutitorni oli kaikkein tärkein Riian puolustustorni, koska se suojasi kaupungin tärkeintä liikenneyhteyttä sydänmaalle niin sanottua Hiekkatietä myöten. Tätä tornia on sen vuoksi kutsuttu myös hiekkatorniksi. Sotavälineiden kehittyessä nousi esiin tarve suojata paremmin Ruutitornia. Niin rakennetiinkin Ruutitornin suojelemiseksi jokaisen 100 metrin jälkeen yksi puolustustorni. 1500-luvulle tultaessa Riian suojelemiseksi oli rakennettu 28 tornia. Nykyään niistä on jäljellä kuitenkin vain kaksi tornia, Ruutitorni ja Ramerin torni, jonka voit löytää siirtyessäsi pitkinTornia iela eli Tornikatua oikealle.

Ruutitorni mainitaan ensimmäistä kertaa vuonna 1330, silloin kuitenkin mainitun Hiekkatornin nimellä. Vuonna 1621 ruotsalaisten pommitusten seurauksena Hiekkatorni tuhoutui. Vanhasta tornista jäivät jäljelle vain perustukset. Seuraavan 30 vuoden aikana vanhan tornin perustuksille rakennettiin uusi. Uudesta tornista tuli kuitenkin niin jykevä, että jopa 1800-luvulle saakka eivät isoimmatkaan tykinkuulat pystyneet sitä mainittavasti vioittamaan. Nykyäänkin tornin muureista löytyy kivi-ja rauta-ammuksia. 1800-luvulla torni menetti sotilaallisen merkityksensä ja laajojen uudelleenrakentamistöiden aikana se sai modernimman, uusgoottilaistyylisen ulkonäkönsä.  

Ensimmäisen maailmansodan jälkeen Ruutitornista tuli armeijan museo.